Biến đổi khí hậu (BĐKH) là một trong những thách thức lớn nhất mà nhân loại hiện đang phải đối mặt, và lưu vực sông Mê Công là một trong những khu vực trên thế giới bị tác động mạnh mẽ nhất bởi BĐKH. Tại các quốc gia lưu vực Mê Công, những thay đổi về đa dạng sinh học do BĐKH gây ra sẽ tác động đến sinh kế của người dân, từ đó sẽ ảnh hưởng không nhỏ đến sự phát triển bền vững của Khu vực, và BĐKH cũng gây ra những tác động xuyên biên giới đòi hỏi các quốc gia trong Khu vực có những hành động cùng nhau giải quyết. Việt Nam (đặc biệt là vùng Đồng bằng sông Cửu Long) được đánh giá là một trong những khu vực dễ bị tổn thương nhất trên thế giới do BĐKH.
Trong thời gian thực hiện Giai đoạn 1 (2011-2015), Chương trình tập trung vào việc xây dựng và thực hiện kế hoạch thích ứng BĐKH để hỗ trợ các quốc gia thành viên Uỷ hội noi chung và Việt Nam nói riêng, bao gồm các kết quả chính như sau:
Tại Việt Nam, trong khuôn khổ Chương trình, một dự án về “Hỗ trợ chuẩn bị xây dựng kế hoạch ứng phó biến đổi khí hậu tỉnh Kiên Giang” đã được thực hiện bởi Ủy ban sông Mê Công Việt Nam với sự phối hợp của các cơ quan có liên quan trong giai đoạn 2009-2011. Dự án được sự đánh giá cao của các cơ quan, tỉnh Kiên Giang và các địa phương, đưa ra một nền tảng quan trọng và cần thiết trong việc xây dựng Kế hoạch Hành động của tỉnh Kiên Giang theo yêu cầu đặt ra của Chương trình Mục tiêu quốc gia Ứng phó với Biến đổi khí hậu. Các kết quả của dự án, đặc biệt về các kịch bản biến đổi khí hậu và các biện pháp thích ứng được đề xuất đã xác định các định hướng cho Kiên Giang trong xây dựng kế hoạch hành động của tỉnh.