Sông Mê Công được đánh giá là dòng sông có nguồn tài nguyên thiên nhiên phong phú và có mức độ đa dạng sinh học cao thứ hai trên thế giới (chỉ sau lưu vực sông A-ma-dôn). Tuy nhiên, trong bối cảnh tất cả các quốc gia trong lưu vực Mê Công đang đẩy mạnh các hoạt động phát triển kinh tế, thông qua việc tăng cương khai thác sử dụng nguồn nước sông Mê Công, tác động của các hoạt động này đến tài nguyên nước và các tài nguyên liên quan của lưu vực Mê Công ngày càng nghiêm trọng, đe dọa nguồn nước và sinh thái, sinh kế của người dân và các giá trị môi trường ở vùng Hạ lưu vực sông Mê Công.
Do đó, các vấn đề về môi trường của Lưu vực sông Mê Công luôn là mối quan tâm hàng đầu trong các chương trình và dự án của Uỷ hội sông Mê Công quốc tế. Lần đầu tiên vấn đề môi trường được đề cập trong quy hoạch lưu vực năm 1972, và cho tới những năm 1980 thì đã mở rộng hơn cả về quy mô địa bàn và nội dung thực hiện, bao gồm giám sát chất lượng nước, xói lở và bồi lắng, các bệnh lây lan theo đường nước, quản lý đất ngập nước, nghiên cứu đất chua phèn v.v…Trên cơ sở các nhu cầu khai thác sử dụng nguồn tài nguyên nước sông Mê Công cho các mục tiêu phát triển kinh tế xã hội của mình, các quốc thành viên của Hiệp định Mê Công đã thống nhất một phạm vi hợp tác khá rộng lớn, bao gồm tất cả các hoạt động phát triển trong lưu vực. Hiệp định Mê Công 1995 cũng đã mở rộng phạm vi hợp tác trong Công ước Liên hợp quốc 1997 ra để không chỉ dừng ở tài nguyên nước mà còn bao gồm các tài nguyên khác có liên quan (sinh thái, thủy sản tự nhiên…) trong một hướng tiếp cận toàn diện và đầy đủ hơn về nguồn lợi trong lưu vực; không chỉ quan tâm đến khai thác phát triển như trước đây mà còn phối hợp cả các yêu cầu mới về quản lý và bảo vệ tài nguyên; và quan trọng nhất là đã lồng ghép được khái niệm phát triển bền vững dựa trên ba trụ cột là kinh tế, xã hội và môi trường
Chương trình Môi trường được xây dựng và phát triển với trách nhiệm giám sát, đánh giá, lập kế hoạch và quản lý môi trường để hỗ trợ lập kế hoạch, quản lý và phát triển lưu vực nhằm phát triển bền vững sông Mê Công, với các hoạt động chính sau:.
Chương trình đã nhận được sự quan tâm và hỗ trợ của các nhà tài trợ như Đan Mạch, Hà Lan, Thuỵ Điển, Úc, Pháp, Phần Lan, và Chương trình Phát triển Liên hợp quốc.
Trong gần 35 năm hợp tác trong lĩnh vực môi trường, Ủy hội đã đạt được những thành quả to lớn trong giám sát chất lượng nước, sức khỏe hệ sinh thái, đa dạng sinh học và đất ngập nước, xây dựng Chiến lược Quản lý môi trường toàn lưu vực đối với tài sản môi trường quan trọng của khu vực, thực hiện các đánh giá tác động môi trường, xây dựng báo cáo hiện trạng môi trường, xây dựng và triển khai thực hiện các cơ chế quy định về bảo vệ môi trường xuyên biên giới tục (Thủ tục chất lượng nước, Hướng dẫn kỹ thuật cho các thủ tục về chất lượng nước, Hướng dẫn kỹ thuật Đánh giá tác động môi trường xuyên biên giới) và các hoạt động ứng phó với sự cố môi trường.
Chương trình đã đóng một vai trò trung tâm trong các nỗ lực của Ủy hội nhằm bảo vệ môi trường và đảm bảo cân bằng sinh thái, góp phần to lớn vào việc xây dựng các định hướng của Ủy hội trong điều phối quản lý môi trường nói riêng và phát triển bền vững nói chung trên lưu vực sông Mê Công, và hỗ trợ mạnh mẽ các quốc gia thành viên trong thực hiện các nghĩa vụ bảo vệ môi trường trên toàn lưu vực và trong thực hiện các kế hoạch quốc gia.
Đối với Việt Nam, Chương trình Môi trường trong thời gian thực hiện đã có những đóng góp đáng kể, có thể kể đến như:
Với sự phát triển nhanh chóng trên lưu vực Mê Công hiện nay, các quốc gia ven sông sẽ phải đối mặt với nhiều thách thức lớn về môi trường, đặc biệt là tác động từ phát triển các công trình thuỷ điện, mở rộng diện tích tưới và chuyển nước ra ngoài lưu vực cùng với những tác động của biến đổi khí hậu sẽ tạo áp lực lên môi trường và đe dọa đa dạng sinh học của các hệ thuỷ sinh trong lưu vực. Do đó, Chương trình Môi trường sẽ phải tiếp tục hỗ trợ công tác giám sát môi trường, cung cấp thông tin, kiến thức và các công cụ đánh giá cho quá trình ra quyết định tại các quốc gia ven sông trong lưu vực.