Trong bối cảnh nguồn lực từ các Đối tác Phát triển ngày một giảm dần do các quốc gia thành viên Ủy hội sông Mê Công quốc tế đều có tăng trưởng mạnh về kinh tế cùng với trình độ kỹ thuật về quản lý lưu vực sông không ngừng nâng cao sau nhiều thập kỷ được các Đối tác Phát triển hỗ trợ, lãnh đạo của Chính phủ của các quốc gia ven sông đã thông qua một Lộ trình hướng tới sự tự chủ hoàn toàn vào năm 2030 tại Hội nghị Cấp cao lần thứ nhất của Ủy hội sông Mê Công quốc tế tại Hủa Hỉn – Thái Lan vào tháng 4 năm 2010. Đây là hướng đi phù hợp với xu thế toàn cầu đối với các tổ chức quốc tế và được các Đối tác Phát triển khuyến khích, coi là một bước đi có tính lịch sử cho Ủy hội sông Mê Công quốc tế.

Để thực hiện Lộ trình, một trong những biện pháp có tính chiến lược đã được Ủy hội sông Mê Công quốc tế triển khai là chuyển giao các chức năng chủ chốt về quản lý lưu vực sông từ Ủy hội sông Mê Công quốc tế về cho các quốc gia thành viên để một mặt giảm nhẹ gánh nặng tài chính cho Ủy hội đồng thời để tăng cường tính tự chủ của Ủy hội và cam kết của các quốc gia ven sông đối với các hoạt động của Ủy hội.

Năm 2014, Ban thư ký Ủy hội sông Mê Công quốc tế phối hợp với các quốc gia thành viên đã xác định được chức năng chủ chốt về quản lý lưu vực sông bao gồm 27 hoạt động, trong đó có 12 hoạt động cơ bản sẽ được Ban thư ký thực hiện và 15 hoạt động còn lại sẽ dần được chuyển giao về các quốc gia theo ba giai đoạn như sau:

• Gian đoạn 2014 – 2015 gồm 5 hoạt động: (1) Giám sát các thông số khí tượng thủy văn gần tức thời; (2) cung cấp số liệu kinh tế – xã hội phục vụ cho quy hoạch lưu vực; (3) chuyển giao số liệu mưa và mực nước phục vụ dự báo lũ vùng; (4) giám sát vận chuyển phù sa bùn cát và đo đạc lưu lượng; và (5) giám sát chất lượng nước.
• Giai đoạn 2016 – 2020 gồm 4 hoạt động: (1) Giám sát sức khỏe sinh thái; (2) giám sát tác động xã hội và đánh giá tính tổn thương; (3) giám sát nguồn lợi thủy sản; và (4) chuẩn bị kế hoạch thực hiện chiến lược của các quốc gia.
• Giai đoạn 2021 – 2030 gồm 6 hoạt động: (1) Giám sát biến động hệ sinh thái đất ngập nước; (2) giám sát tác động của biến đổi khí hậu và đề xuất các biện pháp thích ứng cho các ngành kinh tế; (3) giám sát và đánh giá tác động lũ xuyên biên giới; (4) giám sát và đánh gía tác động hạn và dự báo hạn; (5) xây dựng và vận hành hệ thống cảnh báo mực nước thấp; và (6) giám sát và ứng phó sự cố tràn chất ô nhiễm và tai nạn giao thông thủy.

Do trình độ kỹ thuật và nguồn lực của các quốc gia thành viên khác nhau nên đến năm 2020 Ủy hội sông Mê Công quốc tế mới chỉ chuyển giao về các quốc gia được 6 hoạt động, tập trung vào các hoạt động về giám sát, thu thập thông tin số liệu tại các quốc gia.

Thực hiện cam kết của Việt Nam, Ủy ban sông Mê Công Việt Nam đã phối hợp với Bộ Tài nguyên và Môi trường, Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn, các tỉnh/thành và các đơn vị nghiên cứu có liên quan thực hiện nghiêm túc các hoạt động được chuyển giao với nguồn lực trong nước và luôn kịp thời chia sẻ với Ủy hội sông Mê Công quốc tế các kết quả thực hiện các hoạt động này. Ngay từ năm 2012, Việt Nam là quốc gia đầu tiên đã tiếp nhận việc duy trì và vận hành các trạm quan trắc thủy văn của Dự án HYCOS từ Ban Thư ký Ủy hội, và sau đó thêm 5 hoạt động khác bao gồm: (1) cung cấp số liệu mưa và mực nước phục vụ dự báo lũ vùng; (2) giám sát vận chuyển phù sa bùn cát và đo đạc lưu lượng; (3) giám sát chất lượng nước; (4) giám sát sức khỏe sinh thái; và (5) giám sát nguồn lợi thủy sản. Các kết quả của các hoạt động này cũng đã được chia sẻ với các Bộ, ngành và địa phương liên quan phục vụ cho công tác quản lý, nghiên cứu trong nước.

Sau khi kết thúc giai đoạn 2016-2020, Ủy hội sông Mê Công quốc tế sẽ đánh giá, rà soát quá trình thực hiện chuyển giao chức năng chủ chốt về quản lý lưu vực sông về các quốc gia thành viên, trên cơ sở đó Ủy hội sẽ cân đối, điều chỉnh lại các hoạt động trong Lộ trình cho phù hợp với nguồn lực của các quốc gia thành viên.