Ở vùng Hạ lưu vực sông Mê Công, ngành nông nghiệp đóng một vai trò hết sức quan trọng trong vấn đề đảm bảo an ninh lương thực, xóa đói giảm nghèo, và là nguồn sinh kế cho gần 70% người dân sống trong khu vực, trong đó có tới 24% sống ở mức nghèo.

Cùng với sự đa dạng về sinh học, cơ cấu ngành nông nghiệp vùng Hạ lưu vực sông Mê Công cũng rất đa dạng với nhiều cây trồng đặc trưng như lúa nước, ngô, khoai, sắn, đậu nành, cây ăn quả… của vùng khí hậu nhiệt đới gió mùa Đông Nam Á, trong đó cây lúa nước từ lâu đã được người dân các quốc gia ven sông chú trọng canh tác do thuận lợi về diện tích đất trồng trọt và nguồn nước.

Nhận thức được tầm quan trọng và tiềm năng để phát triển nông nghiệp với khoảng 9,5 triệu ha đất trồng lúa nước, các quốc gia vùng Hạ lưu vực sông Mê Công đã đầu tư xây dựng 6,596 công trình thủy lợi vừa và lớn để chủ động tưới cho hơn 4 triệu ha, cho canh tác từ 2 tới 3 vụ trong năm với năng suất lên tới 5 tấn/ha.

Với sự gia tăng dân số đồng thời do nhu cầu phát triển ngày càng tăng đặt ra mục tiêu đối với ngành sản xuất lúa gạo vừa để đáp ứng yêu cầu tiêu thụ trong nước (đối với Lào và Campuchia) vừa phục vụ xuất khẩu (đối với Thái Lan và Việt Nam). Để đạt được mục tiêu này, sản xuất lúa gạo (nông nghiệp có tưới) được các quốc gia ven sông hết sức quan tâm và đều có kế hoạch mở rộng diện tích tưới hoặc thâm canh tăng vụ.

Tuy nhiên, phát triển nông nghiệp có tưới ảnh hưởng tới công tác quản lý tài nguyên nước trong lưu vực do làm tiêu hao lượng lớn nước mặt (hơn 22 tỷ m³), thay đổi chế độ dòng chảy, ảnh hưởng tới chất lượng nguồn nước (do sử dụng phân bón, thuốc trừ sâu). Chính vì vậy phát triển nông nghiệp có tưới một cách bền vững là vô cùng cần thiết và được Ủy hội sông Mê Công quốc tế hết sức quan tâm. Ngay từ những năm 2000 Ủy hội đã xây dựng một Chương trình Nông nghiệp và Tưới với mục tiêu hỗ trợ giải quyết các vấn đề về quan hệ giữa đất và nước trong ngành nông nghiệp trong vùng Hạ lưu vực sông Mê Công để làm cơ sở thúc đẩy phát triển nông nghiệp có tưới một cách bền vững vì mục tiêu an ninh lương thực và xóa đói giảm nghèo, tập trung vào các hoạt động chính sau:

• Xây dựng hệ thống thông tin cơ sở và kiến thức về hiện trạng và xu thế của ngành nông nghiệp và tưới cùng với các vấn đề liên quan vùng Hạ lưu vực sông Mê Công.
• Tích hợp các quy hoạch ngành nông nghiệp có tưới ở cấp quốc gia vào Chiến lược phát triển lưu vực dựa trên quản lý tổng hợp tài nguyên nước của Ủy hội sông Mê Công quốc tế.
• Tăng cường năng lực cho các cơ quan liên quan tại các quốc gia thành viên của Ủy hội sông Mê Công quốc tế về quản lý, phát triển ngành nông nghiệp có tưới.

Các kết quả chính trong lĩnh vực hợp tác này bao gồm: Hỗ trợ xây dựng Quy hoạch phát triển lưu vực và lồng ghép các quy hoạch quốc gia vào quy hoạch vùng trong phát triển nông nghiệp có tưới; xây dựng và cập nhật Cơ sở dữ liệu về hệ thống tưới và cập nhật xu thế phát triển của các ngành nông nghiệp có tưới vùng Hạ lưu vực sông Mê Công; Dự án Nghiên cứu tính đa chức năng của vùng trồng lúa; Dự án Nghiên cứu nâng cao hiệu quả Tưới. Nghiên cứu Đánh giá tác động của biến đổi khí hậu đến an ninh lương thực và đề xuất biện pháp thích ứng tại Hạ lưu vực sông Mê Công… Các kết quả nghiên cứu của những dự án này đã giúp tăng cường năng lực của các cơ quan trong nước tham gia vào thực hiện dự án và nâng cao nhận thức của các nhà quản lý.

Trong thời gian qua, lĩnh vực hợp tác về nông nghiệp và tưới của Ủy hội sông Mê Công quốc tế đã tạo nhiều cơ hội cho các cơ quan quản lý, viện, trường đại học và các chuyên gia của Việt Nam tham gia vào các hoạt động nghiên cứu của khu vực và trực tiếp thực hiện các dự án nghiên cứu thí điểm trong nước với những kiến nghị có giá trị thực tiễn và có thể nhân rộng như dự án thí điểm tại tỉnh Hậu Giang về Giám sát biến động sử dụng đất nông nghiệp. Lĩnh vực hợp tác này cũng hỗ trợ tăng cường năng lực trong quản lý và vận hành công trình tưới, nâng cao hiệu quả tưới, quy hoạch phát triển nông nghiêp và thủy lợi một cách bền vững cho các vùng lưu vưc sông Mê Công thuộc Việt Nam, đặc biệt là Đồng bằng sông Cửu Long.

Cùng với nguồn tài trợ từ Chính phủ Nhật Bản để thực hiện các hoạt động ưu tiên, trong thời gian tới Ủy hội sông Mê Công quốc tế sẽ tìm kiếm các nguồn lực khác để tập trung thực hiện các nhiệm vụ trọng tâm bao gồm: Hoàn thiện Hướng dẫn thiết kế vận hành các công trình thủy lợi thân thiện với cá; mở rộng các lĩnh vực nghiên cứu về sử dụng bền vững nguồn nước ngầm trong nông nghiệp; và tiến hành nghiên cứu xây dựng Hướng dẫn giảm thiểu các tác động xuyên biên giới của các dự án thủy lợi lớn.