Hiệp định Hợp tác Phát triển bền vững Lưu vực sông Mê Công ký kết năm 1995 giữa bốn quốc gia thành viên Ủy hội sông Mê Công quốc tế khẳng định tâp trung ưu tiên cho “các chương trình, dự án phát triển chung và/hoặc có quy mô lưu vực thông qua lập quy hoạch phát triển lưu vực để giúp xác định, phân loại, và lập thứ hạng ưu tiên cho các chương trình, dự án nhằm tìm kiếm tài trợ và thực hiện ở cấp lưu vực”. Chương trình Quy hoạch Phát triển Lưu vực được thực hiện từ năm 2001 để hỗ trợ thực hiện nhiệm vụ quan trọng này của Hiệp định.

Cho đến nay, Chương trình BDP đã được thực hiện qua 2 giai đoạn: giai đoạn 1 từ 2001 – 2006, và giai đoạn 2 từ 2006 – 2010. Giai đoạn đầu của BDP tập trung vào:

• Thiết lập quy trình lập quy hoạch phát triển lưu vực có sự tham gia của các bên liên quan;
• Nâng cấp cơ sở kiến thức và công cụ phân tích trong quy hoạch phát triển tài nguyên nước;
• Lập danh mục dự án ưu tiên để tìm kiếm cơ hội tài trợ thực hiện;
• Phân tích tiểu vùng BDP (10 tiểu vùng) bao gồm hiện trạng và kế hoạch sử dụng và phát triển tài nguyên nước đã được thực hiện trong đó của Việt Nam là tiểu vùng 7V (Tây Nguyên) và 10V (Đồng bằng sông Cửu Long).

Giai đoạn 2 của BDP được khởi động từ tháng 1/2007 nhằm sử dụng và cải thiện quy trình lập quy hoạch để chuẩn bị một Quy hoạch Phát triển Lưu vực dựa trên Quản lý tổng hợp Tài nguyên Nước như đã được nêu trong Hiệp định Mê Công 1995, góp phần vào thực hiện thành công mục tiêu và đạt được kết quả của Kế hoạch chiến lược 2006 – 2010 của Ủy hội. Các kết quả chính trong giai đoạn này của Chương trình bao gồm:

• Các kịch bản phát triển lưu vực được xây dựng và đánh giá dựa trên các thông tin về hiện trạng cũng như kế hoạch sử dụng nước trong tương lai của các quốc gia.
• Báo cáo tiểu vùng của giai đoạn 1 được cập nhật bổ sung phân tích tiềm năng lợi thế của các tiểu vùng cũng như những khó khăn thách thức trong quản lý tổng hợp tài nguyên nước, và cập nhật kế hoạch sử dụng và phát triển tài nguyên nước đến 2020.
• Chiến lược Phát triển Lưu vực dựa trên Quản lý Tổng hợp Tài nguyên Nước được xây dựng và được Hội đồng Uỷ hội phê chuẩn vào tháng 1/2011 thực hiện Chỉ đạo của các Thủ tướng Chính phủ tại Hội nghị cấp cao lần thứ nhất của Ủy hội sông Mê Công quốc tế tháng 4/2010 tại Hủa Hỉn, Thái Lan. Chiến lược là một dấu mốc hết sức quan trọng trong lịch sử hợp tác của Uỷ hội hướng tới phát triển và quản lý lưu vực sông Mê Công một cách bền vững.

Trong giai đoạn 5 năm 2011 – 2015, Chương trình Quy hoạch Phát triển Lưu vực bước vào giai đoạn 3 với các mục tiêu trọng tâm, đó là: (1) Các quốc gia thành viên Ủy hội thực hiện thành công Chiến lược Phát triển Lưu vực dựa trên Quản lý tổng hợp Tài nguyên Nước; và (2) Tăng cường kiến thức và năng lực để có thể xây dựng một cách tiếp cận toàn diện và tổng hợp hơn trong quy hoạch và quản lý lưu vực và cập nhật Chiến lược.

Bốn Kết quả chính của Chương trình giai đoạn 3 tập trung vào:

• Cải thiện Quy trình Quy hoạch Phát triển Lưu vực và cập nhật Chiến lược Phát triển Lưu vực dựa trên Quản lý Tổng hợp Tài nguyên Nước;
• Cập nhật đánh giá Kinh tế – Xã hội để hỗ trợ cho quy hoạch phát triển lưu vực và thực hiện các Thủ tục của Ủy hội sông Mê Công quốc tế;
• Thiết lập các thể chế phù hợp ở các quốc gia thành viên Ủy hội nhằm thực hiện Chiến lược Phát triển Lưu vực dựa trên Quản lý tổng hợp Tài nguyên Nước;
• Tăng cường năng lực để thực hiện Chiến lược.

Chương trình Quy hoạch Phát triển Lưu vực trong thời gian hơn 10 năm thưc hiện đã có những hỗ trợ đáng kể cho các quốc gia thành viên Uỷ hội, có thể kể đến như:

• Tăng cường năng lực trong lập quy hoạch phát triển lưu vực xem xét toàn diện các khía cạnh về kinh tế, xã hội, môi trường và sử dụng các công cụ hỗ trợ đánh giá tác động của các kịch bản phát triển lưu vực;
• Nâng cao nhận thức về lồng ghép tầm nhìn của lưu vực trong quy hoạch phát triển ở cấp quốc gia và tiểu vùng;
• Tạo rất nhiều cơ hội tham gia trao đổi và chia sẻ kinh nghiệm và kiến thức về kỹ thuật, pháp lý, chiến lược và chính sách cho các cơ quan bộ ngành liên quan ở trong nước, đặc biệt là ở Đồng bằng sông Cửu Long và Tây Nguyên.

Nhà tài trợ chính của Chương trình cho giai đoạn 3 là Đan Mạch (DANIDA), Thụy Điển (SIDA), và một số nhà tài trợ khác.