Hạ lưu vực sông Mê Công là một trong những vựa cá nước ngọt lớn nhất trên thế giới. Đa dạng sinh học các loài cá ở đây rất cao, khoảng 850 loài, trong đó nhiều loài có giá trị kinh tế cao. Với tổng sản lượng khai thác và nuôi trồng thuỷ sản hàng năm đạt khoảng 4,0 triệu tấn, trị giá  4-7 tỷ USD, nghề cá Mê Công có vai trò rất quan trọng trong việc tạo sinh kế, tăng thu nhập và đảm bảo an ninh lương thực cho hàng triệu người dân trong lưu vực, đặc biệt đối với nông dân nghèo nông thôn.

Tuy nhiên, nguồn lợi thủy sản Hạ lưu vực sông Mê Công đang đứng trước nguy cơ suy giảm và cạn kiệt do áp lực khai thác quá mức, tác động của các hoạt động phát triển trong lưu vực và tác động của biến đổi khí hậu toàn cầu. Vì vậy, quản lý và khai thác nguồn lợi thuỷ sản trong lưu vực một cách hợp lý là vấn đề cấp thiết đã và đang được các quốc gia ven sông và các tổ chức quốc tế đặc biệt quan tâm.

Nhằm hỗ trợ các quốc gia thành viên hợp tác quản lý và khai thác nguồn lợi thuỷ sản Hạ lưu vực sông Mê Công một cách bền vững, Uỷ hội sông Mê Công quốc tế đã xây dựng và triển khai Chương trình Thuỷ sản từ năm 2000 do Danida và Sida đồng tài trợ trên cơ sở sáp nhập các dự án thuỷ sản đơn lẻ của Uỷ hội đã được thực hiện gần 10 năm trước đó.

Các hoạt động của Chương trình tập trung chủ yếu vào giám sát nguồn lợi thủy sản; nghiên cứu sinh sản nhân tạo, ương nuôi các loài cá bản địa; thí điểm áp dụng các biện pháp đồng quản lý nghề cá và tăng cường năng lực với sự tham gia tích cực của các cơ quan quản lý, nghiên cứu nghề cá cũng như cộng đồng ngư dân, đặc biệt là vai trò đầu mối của Uỷ ban sông Mê Công các quốc gia thành viên.

Chương trình đã có những đóng góp rất tích cực cho nghề cá các quốc gia thành viên. Những đóng góp chính của Chương trình cho Việt Nam bao gồm:

• Hỗ trợ nghiên cứu, giám sát nguồn lợi thủy sản đồng bằng sông Cửu Long và khu vực Tây Nguyên;
• Hỗ trợ xây dựng và triển khai các mô hình đồng quản lý nghề cá ở Sóc Trăng, An Giang và các hồ chứa khu vực Tây Nguyên;
• Hỗ trợ nghiên cứu quản lý đàn cá bố mẹ, sinh sản nhân tạo, ương nuôi các loài cá bản địa phục vụ cho mục đích nuôi và bổ sung nguồn lợi tự nhiên;
• Hỗ trợ nâng cao năng lực cho cán bộ quản lý, kỹ thuật nghề cá các cấp và cộng động ngư dân;
• Cung cấp nhiều thông tin, ấn phẩm nghề cá (báo cáo khoa học, tạp chí kỹ thuật chuyên ngành; phim ảnh; CDs…).

Trong giai đoạn 2011-2015, Chương trình Thủy sản tiếp tục đẩy mạnh các hoạt động giám sát nguồn lợi thủy sản; nghiên cứu nuôi trồng thủy sản; truyền thông bảo vệ nguồn lợi thủy sản; tăng cường năng lực. Ngoài ra, Chương trình cũng bắt đầu triển khai một số hoạt động mới như giám sát nuôi trồng thủy sản; thí điểm quản lý nghề cá xuyên biên giới…