Trong nỗ lực tăng cường năng lực cho các quốc gia ven sông và Ban Thư ký Uỷ hội sông Mê Công quốc tế (MRCS), kế thừa các kết quả đào tạo và tăng cường năng lực từ các giai đoạn trước, Chương trình Tăng cường năng lực (ICBP) đã được sự xây dựng và thực hiện từ năm 2009. Chương trình ICBP tập trung vào việc nâng cao kiến thức chuyên môn và các kỹ năng phát triển tổ chức, kỹ năng lồng ghép giới, tiến tới thực hiện thành công chức năng quản lý lưu vực sông của MRC và các nhiệm vụ được nêu trong Hiệp định hợp tác phát triển bền vững lưu vực sông Mê Công 1995. 

Mục đích của Chương trình: Nâng cao hiệu quả hoạt động của Ủy hội sông Mê Công quốc tế, các Ủy ban sông Mê Công quốc gia và các cơ quan thành viên nhằm đảm bảo cho phát triển bền vững tài nguyên nước và các tài nguyên liên quan trong lưu vực sông Mê Công.

Tại Việt Nam, Chương trình ICBP đã đóng góp đáng kể vào việc tăng cường năng lực cho các bộ, ngành và các địa phương, các cơ quan thành viên Uỷ ban, bao gồm:

Tập huấn, đào tạo về quản lý tổng hợp tài nguyên nước trong khuôn khổ hợp tác Mê Công;

• Đào tạo được 14 cán bộ chuyên nghiệp trẻ có kiến thức và kỹ năng về quản lý tổng hợp tài nguyên nước, quản lý dự án, lồng ghép giới và các kỹ năng khác;
• Tham quan, trao đổi kinh nghiệm về hợp tác với các Uỷ ban sông Mê Công quốc gia của Campuchia và Thái Lan;
• Các khoá tập huấn, đào tạo nhóm giảng viên nguồn về lồng ghép giới trong quản lý tổng hợp tài nguyên nước, thực hiện phân tích thí điểm về lồng ghép giới ở một số cơ quan thành viên;
• Tập huấn, đào tạo về các kỹ năng quản lý dự án, truyền thông, trình bày, giải quyết vấn đề và ra quyết định, và kỹ năng đàm phán.

Trong thời gian tới, Chương trình ICBP sẽ tiếp tục tập trung vào các hoạt động tăng cường năng lực và đào tạo như sau:

• Tăng cường năng lực và kỹ năng về quản lý tổng hợp tài nguyên nước thông qua các khoá tập huấn, hội thảo, thăm quan, trao đổi kinh nghiệm về quản lý lưu vực quôc tế …;
• Hỗ trợ thự hiện bộ Quy chế sử dụng nước của Uỷ hội sông Mê Công quốc tế;
• Phối hợp với Vụ Tổ chức Cán bộ, Bộ Tài nguyên và Môi trường trong việc xây dựng khung năng lực, xác định vị trí việc làm, bảng mô tả công việc đối với công chức của Bộ Tài nguyên và Môi trường;
• Thực hiện kế hoạch chuyển giao Kiến thức và Kỹ năng để hỗ trợ cho quá trình ven sông hoá của Uỷ hội sông Mê Công quốc tế;
• Xây dựng hệ thống giám sát và đánh giá các kết quả đào tạo của Uỷ hội sông Mê Công quốc tế.