Campuchia là một quốc gia ở thượng nguồn sông Mê Công có đường biên giới chung với Việt Nam dài nhất, với chiều dài là 1.137 km. Trên đường biên giới đó, có khoảng hơn 580 km với 31 sông suối biên giới từ Tây Nguyên về Đồng bằng sông Cửu Long, trong đó 26 nhánh sông dài khoảng 360 km thuộc lưu vực sông Mê Công, và 7 sông suối biên giới thuộc khu vực Bình Phước – Tây Ninh dài khoảng 220 km. Cùng với sự phát triển nhanh chóng ở khu vực biên giới, nhu cầu nước của cả Việt Nam và các địa phương cũng tăng không ngừng đặt ra nhiều yêu cầu đối với công tác quản lý chia sẻ nguồn nước khu vực biên giới giữa Việt Nam và Campuchia. Từ lâu, chính quyền và người dân vùng biên giới đã cùng nhau xây dựng một quan hệ hợp tác chặt chẽ về chia sẻ nguồn nước chung.

Trên cơ sở hợp tác toàn diện giữa hai quốc gia nói chung và hợp tác tài nguyên nước xuyên biên giới nói riêng, Việt Nam và Campuchia đã đưa vào chương trình nghị sự của các phiên họp liên Chính phủ Việt Nam – Campuchia, nội dung phối hợp và hợp tác sử dụng và khai thác hiệu quả và bền vững nguồn tài nguyên nước và các tài nguyên có liên quan trên sông Mê Công nhằm hướng tới phát triển bền vững lưu vực sông Mê Công thông qua phối hợp thực hiện Hiệp định Hợp tác Phát triển Bền vững Lưu vực sông Mê Công năm 1995 và bộ Quy chế sử dụng nước của Ủy hội sông Mê Công quốc tế, các thỏa thuận tại các Hội nghị Cấp cao của Ủy hội sông Mê Công quốc tế và các cơ chế hợp tác khu vực có liên quan.

Đối với lưu vực sông Sê San – Srêpốk, Việt Nam là thượng nguồn của Campuchia và đã đóng vai trò một quốc gia thượng nguồn rất có trách nhiệm trong việc: (1) duy trì dòng chảy tối thiểu hợp lý xả sang Campuchia; (2) thường xuyên chia sẻ thông tin về các đợt xả nước do vận hành bất thường và trong trường hợp sự cố từ các đập thủy điện trên lưu vực sông Sê San – Srêpốk; và (3) phối hợp chặt chẽ với phía Campuchia trong việc phòng chống, giảm nhẹ tác hại và các hiện tượng cực đoan liên quan đến tài nguyên nước.

Ngược lại, đối với lưu vực sông Cửu Long, Việt Nam lại là hạ nguồn của Campuchia. Hai Bên thực hiện các hợp tác trao đổi và hỗ trợ cho công tác quản lý tổng hợp tài nguyên nước và các tài nguyên có liên quan nhằm góp phần tăng cường hợp tác khu vực; đặc biệt trong thực hiện Hợp phần xuyên biên giới của Dự án quản lý tổng hợp tài nguyên nước Mê Công của Ủy hội sông Mê Công quốc tế, làm cơ sở cho các chương trình hợp tác song phương về quản lý tài nguyên nước xuyên biên giới giữa Việt Nam và Campuchia.

Nhằm đẩy mạnh hợp tác tài nguyên nước xuyên biên giới đáp ứng yêu cầu khai thác sử dụng nước của cả hai Bên, Bộ Tài nguyên và Môi trường Việt Nam (với sự hỗ trợ của Ủy ban sông Mê Công Việt Nam) và Bộ Tài nguyên nước và Khí tượng Campuchia sắp hoàn thành đàm phán “Hiệp định về Quy chế sử dụng nguồn nước dọc biên giới giữa Chính phủ nước Cộng hòa Xã hội Chủ nghĩa Việt Nam và Chính phủ Vương quốc Campuchia” nhằm tăng cường hợp tác và thực hiện các thoả thuận đã ký kết về sử dụng nước dọc biên giới giữa hai nước; sử dụng bền vững tài nguyên nước, bảo vệ môi trường; quản lý, phòng, chống và giảm nhẹ các tác động của lũ và hạn và các tác hại liên quan đến nước vì lợi ích chung; và hỗ trợ nỗ lực của các Chính phủ nhằm nâng cao đời sống người dân địa phương ở khu vực biên giới.

Hiệp định nêu trên không chỉ quy định các hoạt động cùng quản lý và chia sẻ nguồn nước dọc biên giới Việt Nam và Campuchia mà còn đặt nền móng cho các cơ chế hợp tác về chia sẻ thông tin số liệu; hợp tác về mạng quan trắc lưu vực, dự báo cảnh báo; hợp tác giữa các tổ chức quản lý lưu vực sông hai Bên cho khu vực châu thổ Mê Công, và lưu vực sông Sê San – Srêpốk.