Ngay từ những ngày đầu hoạt động với vai trò là một tổ chức phối hợp liên ngành với một văn phòng chuyên trách nhỏ gọn và các Bộ ngành địa phương thành viên hoạt động theo cơ chế kiêm nhiệm và cách xa cơ quan Văn phòng Thường trực, Ủy ban sông Mê Công Việt Nam đã gặp phải rất nhiều thách thức to lớn trong đảm bảo hiệu quả hoạt động cho cả công tác điều hành của lãnh đạo Ủy ban và yêu cầu tiếp nhận thông tin và phản hồi kịp thời của các thành viên Ủy ban. Trong những năm gần đây, trong bối cảnh công nghệ thông tin có những tiến bộ chóng mặt, từng bước làm thay đổi hoạt động của cơ quan chính phủ và đời sống xã hội, và Chính phủ và các Bộ ngành địa phương thành viên đang chuyển mình thành những “cơ quan điện tử”. Trước các thách thức nêu trên và trong bối cảnh đó, từ vài năm trước, Bộ trưởng Chủ tịch Ủy ban đã chỉ đạo Văn phòng Thường trực Ủy ban sông Mê Công Việt Nam xây dựng một hệ thống chia sẻ thông tin số liệu tới từng Bộ ngành địa phương thành viên nhằm nâng cao hiệu quả điều hành của lãnh đạo Ủy ban, hoạt động phối hợp liên ngành liên tỉnh giữa các thành viên, và đặc biệt là công tác hỗ trợ các thành viên của Văn phòng Thường trực.

Tới khi Thủ tướng Chính phủ ra quyết định số 619/QĐ-TTg ngày 08 tháng 5 năm 2020 quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Ủy ban sông Mê Công Việt Nam, trong đó giao thêm chức năng tổ chức quản lý lưu vực sông cho lưu vực sông Cửu Long và lưu vực sông Sê San – Srêpôk, tính cấp thiết của hệ thống nói trên càng trở nên cấp thiết hơn bao giờ hết. Tiếp tục gấp rút thực hiện chỉ đạo của Bộ trưởng Trần Hồng Hà, hiện là Phó Chủ tịch Thường trực Ủy ban, Văn phòng Thường trực đã đẩy mạnh công tác xây dựng Hệ thống Quản lý văn bản và Hồ sơ điện tử phục vụ các hoạt động điều phối có tính liên ngành, liên tỉnh và liên quốc gia ở một mức độ cao hơn nhiều so với thời gian trước Quyết định 619/QĐ-TTg nhằm: (1) Hỗ trợ hiệu quả công tác chỉ đạo điều hành của lãnh đạo Ủy ban; (2) Nâng cao hiệu quả hoạt động tham vấn, họp trực tuyến trong Ủy ban (đặc biệt trong bối cảnh dịch bệnh Covid-19 thời gian đầu đi vào hoạt động của Ủy ban mới); (3) Tăng cường hoạt động chia sẻ thông tin số liệu, các văn bản và báo cáo của Ủy ban,  giữa Văn phòng Thường trực và các Bộ ngành địa phương thành viên; và (4) Hỗ trợ các hoạt động tuyên truyền và truyền thông của Ủy ban.

Hệ thống này, với sự hỗ trợ của Cục CNTT và Dữ liệu TNMT của Bộ Tài nguyên và Môi trường, dự kiến sẽ bắt đầu đi vào hoạt động từ tháng 2 năm 2021 và sẽ kết nối trực tiếp tới từng thành viên của Ủy ban, và các cơ quan giúp việc  cũng như tất cả các Bộ ngành và địa phương thành viên và hòa vào trục liên thông văn bản quốc gia. Với việc Phó Thủ tướng, Chủ tịch Ủy ban mới đây đã ra Quyết định số 01/QD-UBMC ngày 8 tháng 01 năm 2021 về việc ban hành Quy chế làm việc của Ủy ban sông Mê Công Việt Nam, Hệ thống Quản lý văn bản và Hồ sơ điện tử này sẽ góp phần làm cho các chỉ đạo của lãnh đạo Ủy ban, văn bản thông tin số liệu chia sẻ giữa Văn phòng Thường trực, các Ủy viên Ủy ban sẽ loại bỏ các trì trệ ách tắc thường gặp trước đây, và sẽ giúp cho Ủy ban sông Mê Công Việt Nam trở thành không chỉ là một hình mẫu của một tổ chức lưu vực sông đầu tiên của Việt Nam có tính hiệu quả, thiết thực mà còn là một tổ chức phối hợp liên ngành đi tiên phong trong việc áp dụng các tiến bộ khoa học kỹ thuật tiên tiến trong thời đại của công nghệ thông tin.

Trước mắt, trong những năm đầu, Văn phòng Thường trực sẽ tập trung khai thác Hệ thống này cho các hoạt động sau:

– Chia sẽ các văn bản, báo cáo của Ủy ban sông Mê Công Việt Nam lên Thủ tướng Chính phủ về diễn biến tài nguyên nước trên toàn lưu vực sông Mê Công, kết quả giám sát các hoạt động sử dụng và khai thác tài nguyên nước ở thượng nguồn ảnh hưởng tới vùng Đồng bằng sông Cửu Long, và các hoạt động nổi bật của Ủy ban (kết quả Hội nghị toàn thể, Phiên họp các Tiểu ban …).

– Lấy ý kiến các thành viên Ủy ban thông qua các “cơ chế điện tử” được thiết kế sẵn trong Hệ thống nhằm phục vụ yêu cầu thực hiện các hoạt động của Ủy ban về đề xuất kiến nghị lên Thủ tướng Chính phủ, cho ý kiến của tổ chức lưu vực sông về các chương trình, đề án, dự án, quy hoạch, kế hoạch có liên quan đến tài nguyên nước và các tài nguyên có liên quan trên toàn lưu vực sông Mê Công, bao gồm cả lưu vực sông Cửu Long và lưu vực sông Sê San – Srêpôk.

Tới khi Văn phòng Thường trực hoàn thành các cơ sở dữ liệu cho các lưu vực sông Cửu Long và lưu vực sông Sê San – Srêpôk, hệ thống này sẽ được sử dụng để phục vụ hoạt động trao đổi thông tin số liệu giữa Văn phòng Thường trực với các Bộ ngành địa phương thành viên Ủy ban, đặc biệt là chia sẻ thông tin số liệu, kết quả đánh giá phân tích trong cơ sở dữ liệu để phục vụ các mục tiêu của các thành viên Ủy ban; và kết hợp với trang thông tin điện tử của Ủy ban trong hoạt động truyền thông cho cộng đồng của Ủy ban.