Kể từ khi được thành lập vào năm 1995, Ủy hội sông Mê Công quốc tế đã triển khai ngay nhiều hoạt động ưu tiên nhằm hiện thực hóa các điều khoản của Hiệp định Hợp tác phát triển bền vững Lưu vực sông Mê Công 1995, và đáp ứng các nhu cầu sử dụng và khai thác tài nguyên nước phục vụ phát triển kinh tế xã hội ngày càng cao trong lưu vực sông Mê Công nhằm hướng tới một lưu vực sông Mê Công vừa “Đáp ứng được nhu cầu mà vẫn duy trì cân bằng”.

Trong khoảng thời gian từ 2000 – 2008, với sự hỗ trợ của Ngân hàng Thế giới, Ủy hội đã thực hiện Chương trình Sử dụng nước (WUP) với các sản phẩm chính là: Bộ quy chế sử dụng nước; một khung hỗ trợ ra quyết định cho vùng hạ lưu vực sông Mê Công; và các hướng dẫn về duy trì số lượng nước và chất lượng nước dòng chính sông Mê Công, các giá trị môi trường sinh thái và đánh giá tác động môi trường xuyên biên giới…  Sau một thời gian áp dụng các văn kiện, công cụ nêu trên vào trong các chương trình hợp tác của Ủy hội và các kế hoạch quốc gia tại các quốc gia thành viên, trên cơ sở các yêu cầu cấp bách và thách thức mới trong lưu vực và bài học kinh nghiệm trong thời gian đã qua, năm 2009 Ngân hàng Thế giới đã tiếp tục hỗ trợ Ủy hội một dự án mới, có tính tiếp nối WUP trước đây, là Dự án Quản lý tổng hợp tài nguyên nước (QLTH TNN) Mê Công (M-IWRMP) nhằm tiếp tục mở rộng và cập nhật các kết quả của WUP và giúp Ủy hội và các quốc gia thành viên đáp ứng những thách thức mới trong nỗ lực tăng cường QLTH TNN ở Hạ lưu vực Mê Công và trong chính từng quốc gia thành viên.

M-IWRMP tiếp tục hỗ trợ thể chế hóa các nguyên tắc chủ đạo của QLTH TNN ở vùng Hạ lưu vực Mê Công và trong từng quốc gia thành viên thông qua phương pháp tiếp cận ba lớp là kết hợp liên kết các sáng kiến có tính lưu vực, ​​quốc gia và xuyên biên giới.

Bên cạnh việc trực tiếp hỗ trợ các định hướng chiến lược của Ủy hội trong giai đoạn 2011 – 2015, Dự án M-IWRMP tiếp tục hỗ trợ các quốc gia thành viên áp dụng các phương pháp quản lý tổng hợp trong quản lý tài nguyên nước và các lĩnh vực có liên quan nhằm đảm bảo sử dụng và quản lý hiệu quả và bền vững tài nguyên nước sông Mê Công trên toàn lưu vực và tại từng quốc gia ven sông. Dự án được xây dựng dựa trên ba hợp phần chính:

1. Hợp phần vùng nhằm cung cấp khung hỗ trợ hợp tác vùng thực hiện QLTH TNN ở Hạ lưu vực sông Mê Công;
2. Hợp phần xuyên biên giới nhằm tăng cường sự hợp tác giữa các quốc gia thành viên trong thực hiện quản lý tài nguyên nước xuyên biên giới;
3. Hợp phần quốc gia do các quốc gia thành viên Uỷ hội quản lý nhằm thực hiện nhằm tăng cường QLTH TNN tại từng quốc gia

Hợp phần xuyên biên giới được xác định có liên quan chặt chẽ đến cả hai hợp phần cấp vùng và cấp quốc gia của Dự án, bằng việc thực hiện 5 dự án song phương giữa các quốc gia để đóng góp vào hợp tác khu vực và mục tiêu phát triển KTXH của từng quốc gia, bao gồm: (i) Quản lý thủy sản trên dòng chính sông Mê Công và trên sông Sê Công (giữa Lào và Campuchia); (ii) Quản lý tổng hợp tài nước xuyên biên giới Việt Nam – Campuchia tại tiểu lưu vực sông Sê San và Srêpok (gọi tắt là dự án 2S); (iii) Quản lý tổng hợp tài nước xuyên biên giới Việt Nam – Campuchia tại đồng bằng sông Mê Công (gọi tắt là dự án Delta); (iv) Quản lý bãi ngập lũ và đất ngập nước (giữa Lào và Thái Lan); và dự án tăng cường hợp tác truyền thông giữa hồ Tonle Sap – Songkhla (Campuchia và Thái Lan).

Ngoài ra, Dự án cũng đã tạo điều kiện về mặt kỹ thuật cho việc thực hiện các Thủ tục pháp lý của Ủy hội, đặc biệt là việc lần đầu tiên thực hiện quá trình tham vấn của Thủ tục Thông báo, Tham vấn trước và Thỏa thuận đối với một đề xuất xây dựng công trình thủy điện dòng chính sông Mê Công. Đối với Việt Nam, Dự án cũng hỗ trợ việc thực hiện hợp tác thực hiện quản lý tài nguyên nước xuyên biên giới với hai hợp phần dự án của Việt Nam và Campuchia về Quản lý Tổng hợp tài nguyên nước xuyên biên giới Việt Nam và Campuchia tại lưu vực sông Sesan và Srepok và lưu vực sông Cửu Long nhằm xây dựng: (1) Văn kiện chung về đánh giá tồn tại và thách thức, các yêu cầu chia sẻ thông tin và các yêu cầu quản lý xuyên biên giới; (2) Cơ chế phối hợp để giải quyết các yêu cầu quản lý và phối hợp xuyên biên giới; và (3) Kế hoạch hành động chung để thực hiện các hoạt động ưu tiên về quản lý và phối hợp.

Hợp phần quốc gia của Dự án được thực hiện tại ba quốc gia ven sông là Lào, Campuchia và Việt Nam bằng nguồn vốn ưu đãi của Ngân hàng Thế giới. Các dự án QLTHTNN Mê Công có tính quốc gia này tập trung vào: (1) Xây dựng mạng quan trắc KTTV và TNN; (2) Hỗ trợ thành lập tổ chức quản lý lưu vực sông theo mô hình của QLTHTNN; và (3) xác lập Hệ thống hỗ trợ ra quyết định cho từng lưu vực sông nhằm kết nối chức năng hoạt động của công tác thông tin số liệu với điều hành quản lý lưu vực sông.

Tại Việt Nam, Dự án hợp phần quốc gia đã kết thúc trong năm 2020, trong khi các Dự án quốc gia của Lào và Campuchia dự kiến sẽ kết thúc vào năm 2022.