Sau ngày đất nước thống nhất, hoạt động hợp tác sông Mê Công được xem là mối quan tâm và ưu tiên của việc sử dụng bền vững và hiệu quả tài nguyên nước ở nước ta. Ngày 18 tháng 9 năm 1978, Hội đồng Chính phủ đã ban hành Quyết định số 237-CP thành lập Ủy ban sông Mê Công Việt Nam để giúp tăng cường sự hợp tác quốc tế với các nước trên thế giới nhằm mục đích sử dụng và khai thác hợp lý nguồn nước của sông Mê Công.

Trong giai đoạn hợp tác từ năm 1978 đến năm 1995, thông qua hợp tác Mê Công, Ủy ban sông Mê Công Việt Nam đã có nhiều dự án nghiên cứu, thử nghiệm, xây dựng đã được thực hiện góp phần vào phát triển kinh tế xã hội Đồng bằng sông Cửu Long và Tây Nguyên, như sau:

• Dự án về thuỷ lợi: Dự án thuỷ lợi Tân Gò Công, Dự án thuỷ lợi Hương Mỹ, Nghiên cứu phát triển thuỷ lợi Vàm Nao, Dự án tưới và kiểm soát lũ Tầm Phương, Nghiên cứu khả thi dự án tổng hợp Yasoup…
• Dự án về nông nghiệp và lâm nghiệp: Kế hoạch hành động lưu vực sông Srê-pốk, nghiên cứu điều tra đất ngập nước, nghiên cứu phát triển lâm nghiệp tứ giác Long Xuyên, trạm nuôi tôm giống Vũng Tàu…
• Dự án về môi trường: Thiết lập mạng lưới giám sát chất lượng nước.
• Các chương trình đào tạo, tăng cường năng lực đã góp phần xây dựng một đội ngũ cán bộ thực hiện công tác quản lý tài nguyên thiên nhiên nói chung và công tác hợp tác Mê Công nói riêng sau này.

Ngày 5 tháng 4 năm 1995, bốn quốc gia là Vương quốc Campuchia, Cộng hoà Dân chủ Nhân dân Lào, Vương quốc Thái Lan và Cộng hoà Xã hội Chủ nghĩa Việt Nam đã ký Hiệp định Hợp tác Phát triển Bền vững Lưu vực sông Mê Công (sau đây gọi tắt là Hiệp định Mê Công 1995) và thành lập Ủy hội sông Mê Công quốc tế nhằm tăng cường hợp tác Mê Công giữa các quốc gia ven sông. Để tăng cường vai trò của Ủy ban sông Mê Công Việt Nam trong việc thực hiện Hiệp định Mê Công 1995, ngày 30 tháng 12 năm 1995, Thủ tướng Chính phủ đã ban hành Quyết định số 860/TTg quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và tổ chức bộ máy của Ủy ban sông Mê Công Việt Nam.

Trong thời kỳ từ năm 1995 đến năm 2010, hoạt động của Ủy ban sông Mê Công Việt Nam đã đóng góp đáng kể vào các hoạt động chung của quốc gia và Ủy hội sông Mê Công quốc tế (sau đây gọi tắt là Ủy hội), tích cực phối hợp với các cơ quan trong nước đẩy mạnh công tác quản lý tài nguyên nước, giám sát số lượng nước và chất lượng nước xuyên biên giới; đẩy mạnh việc lồng ghép các hoạt động của Mê Công vào hợp tác song phương và đa phương…; đóng góp tích cực vào việc xây dựng Kế hoạch Chiến lược của Ủy hội để thực hiện Hiệp định Mê Công 1995; đàm phán và ký kết bộ Quy chế về sử dụng nước; tích cực thúc đẩy các hoạt động của Ủy hội; và thực hiện các chương trình và dự án then chốt của Ủy hội.

Xuất phát từ tình hình hợp tác trong lưu vực có nhiều thay đổi, ngày 15 tháng 01 năm 2010, Thủ tướng Chính phủ đã ban hành Quyết định số 114/QĐ-TTg quy định về chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Ủy ban sông Mê Công Việt Nam (thay cho Quyết định số 860/TTg) nhằm tăng cường các hoạt động đối ngoại với Ủy hội, các quốc gia ven sông và các hoạt động đối nội nhằm tăng cường hiệu quả sử dụng tài nguyên nước và các tài nguyên có liên quan ở vùng Đồng bằng sông Cửu Long và Tây Nguyên.

Sau hơn 40 năm hoạt động, Ủy ban sông Mê Công Việt Nam đã đạt được nhiều thành tích đáng kể trong các hoạt động hợp tác với Ủy hội và các quốc gia ven sông và các nhiệm vụ Thủ tướng Chính phủ giao nhằm phát triển, sử dụng, bảo vệ tài nguyên nước và các tài nguyên khác liên quan trên toàn lưu vực sông Mê Công nói chung, vùng Đồng bằng sông Cửu Long và Tây Nguyên thuộc lưu vực sông Mê Công nói riêng. Đặc biệt, trong 10 năm gần đây thực hiện Quyết định số 114/QĐ-TTg, Ủy ban sông Mê Công Việt Nam đã không chỉ hoàn thành tốt các nhiệm vụ tăng cường hợp tác Mê Công, đặc biệt đã có những đóng góp to lớn cho các thành quả của Ủy hội, xây dựng tình đoàn kết trong Ủy hội và là tác nhân tích cực thúc đẩy Ủy hội phát triển và mở rộng quan hệ hợp tác trong khu vực, mà còn hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ tham mưu giúp Thủ tướng Chính phủ và lãnh đạo cấp cao trong giám sát chặt chẽ và đánh giá các tác động của các hoạt động khai thác, sử dụng nước trong lưu vực; kịp thời đề xuất các chủ trương giải pháp ứng phó phù hợp, đóng góp hiệu quả vào nỗ lực thực hiện nhiệm vụ của các bộ, ngành và địa phương thành viên, đặc biệt trong lĩnh vực ngành nước.

Ngoài ra, Ủy ban sông Mê Công Việt Nam cũng đã tăng cường về tổ chức và mở rộng mối liên hệ với các bộ, ngành và địa phương thành viên thông qua các hoạt động chung và các hoạt động chia sẻ thông tin và tuyên truyền của Ủy ban sông Mê Công Việt Nam.

Trong bối cảnh các hoạt động triển khai thực hiện Luật Tài nguyên nước được đẩy mạnh, trên cơ sở đề xuất của Bộ Tài nguyên và Môi trưởng, ngày 08 tháng 5 năm 2020 Thủ tướng Chính phủ đã ban hành Quyết định số 619/QĐ-TTg quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Ủy ban sông Mê Công Việt Nam trong đó trao thêm chức năng của tổ chức quản lý lưu vực sông cho hai lưu vực rất quan trọng là lưu vực sông Cửu Long và lưu vực sông Sê San – Srêpốk cho Ủy ban sông Mê Công Việt Nam (thay thế Quyết định số 114/QĐ-TTg). Theo đó, Ủy ban sông Mê Công Việt Nam tiếp tục đóng vai trò là tổ chức phối hợp liên ngành giúp Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo, quản lý các hoạt động liên ngành, liên tỉnh, liên quốc gia nhằm quản lý và sử dụng hiệu quả và bền vững tài nguyên nước và các tài nguyên có liên quan trên lưu vực sông Mê Công, bao gồm cả các lưu vực sông Cửu Long và sông Sê San – Srêpốk của Việt Nam, theo quy định của Hiệp định Mê Công 1995, Luật Tài nguyên nước, Luật Bảo vệ môi trường và các văn bản pháp luật có liên quan.

Ý thức được tầm quan trọng sống còn của nguồn tài nguyên nước sông Mê Công đối với Việt Nam nói chung (chiếm khoảng 49% tổng lượng hàng năm quốc gia) và vùng Đồng bằng sông Cửu Long nói riêng (chiếm tới 95% tổng lượng hàng năm), vai trò của tổ chức quản lý lưu vực sông theo quy định của Luật Tài nguyên nước và xu thế quản lý tổng hợp tài nguyên nước của thế giới, Thủ tướng Chính phủ đã chấp thuận đề xuất của Bộ Tài nguyên và Môi trường phân công một Phó Thủ tướng làm Chủ tịch Ủy ban sông Mê Công Việt Nam nhằm nâng tầm vai trò của Ủy ban ở cả trong nước và quốc tế. Bộ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường được phân công là Phó Chủ tịch Thường trực Ủy ban kiêm Ủy viên Hội đồng Ủy hội sông Mê Công quốc tế của Việt Nam. Các thành viên của Ủy ban cũng được mở rộng thêm ra tất cả các bộ, ngành và địa phương có liên quan trong các lưu vực sông Cửu Long và sông Sê San – Srêpốk, tổng cộng là 13 bộ và 18 tỉnh/thành phố.

Cũng theo Quyết định số 619/QĐ-TTg, Ủy ban sông Mê Công Việt Nam thành lập hai Tiểu ban để đóng vai trò của tổ chức quản lý lưu vực sông cho các lưu vực sông Cửu Long và lưu vực sông Sê San – Srêpốk. Việc thành lập Tiểu ban lưu vực sông Cửu Long và Tiểu ban lưu vực sông Sê San – Srêpốk nhằm bảo đảm hướng tiếp cận liên ngành, liên tỉnh, liên quốc gia; quản lý tổng hợp tài nguyên nước theo lưu vực sông, đảm bảo hài hòa các mối quan hệ thượng – hạ lưu vực và quản lý các tác động xuyên biên giới thống nhất trên toàn lãnh thổ Việt Nam. Hai Tiểu ban tập trung giải quyết các vấn đề riêng và đặc thù trên từng lưu vực. Phó Chủ tịch Thường trực Ủy ban sông Mê Công Việt Nam, Bộ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường  là Chủ tịch của cả hai Tiểu ban.

Để tăng cường hiệu quả làm việc của Ủy ban sông Mê Công Việt Nam, Phó Thủ tướng Chính phủ, Chủ tịch Ủy ban sông Mê Công Việt Nam đã ban hành Quy chế làm việc của Ủy ban sông Mê Công Việt Nam. Phó Chủ tịch Thường trực Ủy ban sông Mê Công Việt Nam, Bộ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường ban hành Quy chế hoạt động của các Tiểu ban lưu vực sông Cửu Long và lưu vực sông Sê San-Srêpốk.

Ông Đỗ Đức Duy

Bộ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường

Phó Chủ tịch Thường trực Ủy ban sông Mê Công Việt Nam

Trụ sở Văn phòng Thường trực Ủy ban sông Mê Công Việt Nam

23 Hàng Tre, Hoàn Kiếm, Hà Nội