Sau khi đất nước được thống nhất, hoạt động hợp tác sông Mê Công được xem là mối quan tâm và ưu tiên của việc sử dụng bền vững và hiệu quả tài nguyên nước ở nước ta. Ngày 18 tháng 9 năm 1978, Hội đồng Chính phủ đã ban hành Quyết định số 237-CP thành lập Ủy ban sông Mê Công Việt Nam để giúp tăng cường sự hợp tác quốc tế với các nước trên thế giới nhằm mục đích sử dụng và khai thác hợp lý nguồn nước của sông Mê Công.

Trong giai đoạn hợp tác từ năm 1978 đến năm 1995, thông qua hợp tác Mê Công, Ủy ban sông Mê Công Việt Nam đã có nhiều dự án nghiên cứu, thử nghiệm, xây dựng đã được thực hiện góp phần vào phát triển kinh tế xã hội Đồng bằng sông Cửu Long và Tây Nguyên.

Ngày 5 tháng 4 năm 1995, bốn quốc gia là Vương quốc Campuchia, Cộng hoà Dân chủ Nhân dân Lào, Vương quốc Thái Lan và Cộng hoà Xã hội Chủ nghĩa Việt Nam đã ký Hiệp định Hợp tác Phát triển Bền vững Lưu vực sông Mê Công (sau đây gọi tắt là Hiệp định Mê Công 1995) và thành lập Ủy hội sông Mê Công quốc tế nhằm tăng cường hợp tác Mê Công giữa các quốc gia ven sông. Để tăng cường vai trò của Ủy ban sông Mê Công Việt Nam trong việc thực hiện Hiệp định Mê Công 1995, ngày 30 tháng 12 năm 1995, Thủ tướng Chính phủ đã ban hành Quyết định số 860/TTg quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và tổ chức bộ máy của Ủy ban sông Mê Công Việt Nam.

Trong thời kỳ từ năm 1995 đến năm 2010, hoạt động của Ủy ban sông Mê Công Việt Nam đã đóng góp đáng kể vào các hoạt động chung của quốc gia và Ủy hội sông Mê Công quốc tế (sau đây gọi tắt là Ủy hội), tích cực phối hợp với các cơ quan trong nước đẩy mạnh công tác quản lý tài nguyên nước, giám sát số lượng nước và chất lượng nước xuyên biên giới; đẩy mạnh việc lồng ghép các hoạt động của Mê Công vào hợp tác song phương và đa phương…; đóng góp tích cực vào việc xây dựng Kế hoạch Chiến lược của Ủy hội để thực hiện Hiệp định Mê Công 1995; đàm phán và ký kết bộ Quy chế về sử dụng nước; tích cực thúc đẩy các hoạt động của Ủy hội; và thực hiện các chương trình và dự án then chốt của Ủy hội.

Xuất phát từ tình hình hợp tác trong lưu vực, ngày 15 tháng 01 năm 2010, Thủ tướng Chính phủ đã ban hành Quyết định số 114/QĐ-TTg quy định về chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Ủy ban sông Mê Công Việt Nam (thay cho Quyết định số 860/TTg) nhằm tăng cường các hoạt động đối ngoại với Ủy hội, các quốc gia ven sông và các hoạt động đối nội nhằm tiếp tục tăng cường hiệu quả sử dụng tài nguyên nước và các tài nguyên có liên quan ở vùng Đồng bằng sông Cửu Long và Tây Nguyên.

Trong quá trình hoạt động, Ủy ban sông Mê Công Việt Nam đã đạt được nhiều thành tích đáng kể trong các hoạt động hợp tác với Ủy hội và các quốc gia ven sông và các nhiệm vụ Thủ tướng Chính phủ giao nhằm phát triển, sử dụng, bảo vệ tài nguyên nước và các tài nguyên khác liên quan trên toàn lưu vực sông Mê Công nói chung, vùng Đồng bằng sông Cửu Long và Tây Nguyên thuộc lưu vực sông Mê Công nói riêng. Ủy ban sông Mê Công Việt Nam đã không chỉ hoàn thành tốt các nhiệm vụ tăng cường hợp tác Mê Công, đặc biệt đã có những đóng góp to lớn cho các thành quả của Ủy hội, xây dựng tình đoàn kết trong Ủy hội và không chỉ là tác nhân tích cực thúc đẩy Ủy hội phát triển và mở rộng quan hệ hợp tác trong khu vực, mà còn hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ tham mưu giúp Thủ tướng Chính phủ và lãnh đạo cấp cao trong giám sát chặt chẽ  và đánh giá các tác động của các hoạt động khai thác, sử dụng nước trong lưu vực. Ủy ban cũng đã tham mưu cho lãnh đạo cấp cao, đáp ứng kịp thời các yêu cầu về thông tin, nhận định, đánh giá, và các kiến nghị về chủ trương, đối nội, đối ngoại của Việt Nam đối với hợp tác Mê Công và hợp tác với các quốc gia thành viên Ủy hội sông Mê Công quốc tế và các nước thượng lưu là Trung Quốc và Mi-an-ma.

Ngoài ra, Ủy ban sông Mê Công Việt Nam cũng đã tăng cường phối hợp với các bộ, ngành và địa phương thành viên thông qua việc thực hiện các nhiệm vụ của Ủy ban cũng như các nhiệm vụ do lãnh đạo Đảng và Nhà nước giao; và các hoạt động chia sẻ thông tin và tuyên truyền của Ủy ban sông Mê Công Việt Nam.

Trong bối cảnh triển khai thực hiện Luật Tài nguyên nước, ngày 08 tháng 5 năm 2020 Thủ tướng Chính phủ đã ban hành Quyết định số 619/QĐ-TTg quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Ủy ban sông Mê Công Việt Nam, trong đó giao thêm chức năng, nhiệm vụ của tổ chức lưu vực sông Cửu Long và lưu vực sông Sê San – Srêpốk (thay thế Quyết định số 114/QĐ-TTg). Theo đó, Ủy ban sông Mê Công Việt Nam tiếp tục đóng vai trò là tổ chức phối hợp liên ngành giúp Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo, quản lý các hoạt động liên ngành, liên tỉnh, liên quốc gia nhằm quản lý và sử dụng hiệu quả và bền vững tài nguyên nước và các tài nguyên có liên quan trên lưu vực sông Mê Công, bao gồm cả các lưu vực sông Cửu Long và sông Sê San – Srêpốk của Việt Nam, theo quy định của Hiệp định Mê Công 1995, Luật Tài nguyên nước, Luật Bảo vệ môi trường và các văn bản pháp luật có liên quan.

Theo Quyết định số 619/QĐ-TTg, Ủy ban sông Mê Công Việt Nam thành lập hai Tiểu ban đóng vai trò của tổ chức quản lý lưu vực sông cho các lưu vực sông Cửu Long và lưu vực sông Sê San – Srêpốk. Việc thành lập Tiểu ban lưu vực sông Cửu Long và Tiểu ban lưu vực sông Sê San – Srêpốk nhằm bảo đảm hướng tiếp cận liên ngành, liên tỉnh, liên quốc gia; quản lý tổng hợp tài nguyên nước theo lưu vực sông, đảm bảo hài hòa các mối quan hệ thượng – hạ lưu vực và quản lý các tác động xuyên biên giới thống nhất trên toàn lãnh thổ Việt Nam. Hai Tiểu ban tập trung giải quyết các vấn đề riêng và đặc thù trên từng lưu vực.

Vừa qua, thực hiện Nghị quyết của Quốc hội về cơ cấu tổ chức của Chính phủ, sắp xếp đơn vị hành chính cấp tỉnh; căn cứ Nghị định quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bộ Nông nghiệp và Môi trường; và tình hình hoạt động của Ủy ban, Thủ tướng Chính phủ đa ký Quyết định số 426/QĐ-TTg ngày 11 tháng 3 năm 2026 nhằm kiện toàn chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Ủy ban sông Mê Công Việt Nam. Theo Quyết định số 426/QĐ-TTg, Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Môi trường là Chủ tịch Ủy ban sông Mê Công Việt Nam, kiêm Ủy viên Hội đồng Ủy hội sông Mê Công quốc tế của Việt Nam. Thứ trưởng Bộ Nông nghiệp và Môi trường là Phó Chủ tịch Thường trực và Thứ trưởng các Bộ Ngoại giao và Tài chính là các Phó Chủ tịch Ủy ban. Các Ủy viên Ủy ban là đại diện của các cơ quan, bộ, ngành và địa phương có diện tích/ địa giới hành chính thuộc lưu vực sông Cửu Long và lưu vực sông Sê San -Srêpốk, bao gồm các Bộ: Công Thương, Xây dựng, Khoa học và Công nghệ, Văn hóa, Thể thao và Du lịch, Quốc phòng, Công an; các tỉnh/thành phố gồm: An Giang, Cà Mau, Cần Thơ, Đắk Lắk, Đồng Tháp, Gia Lai, Lâm Đồng, Quảng Ngãi, Tây Ninh, và Vĩnh Long; và các cơ quan thuộc Bộ Nông nghiệp và Môi trường. Ủy ban sông Mê Công Việt Nam tiếp tục duy trì hai Tiểu ban lưu vực sông Cửu Long và lưu vực sông Sê San – Srêpốk.

Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Môi trường

Chủ tịch Ủy ban sông Mê Công Việt Nam

Trụ sở Văn phòng Thường trực Ủy ban sông Mê Công Việt Nam

23 Hàng Tre, Hoàn Kiếm, Hà Nội