Sau khi Thủ tướng Chính phủ ra Quyết định số 619/QĐ-TTg ngày 8 tháng 5 năm 2020 của quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Ủy ban sông Mê Công Việt Nam, ngày 22 tháng 01 năm 2021, theo quy định tại Quyết định nêu trên, Bộ trưởng Trần Hồng Hà, Phó Chủ tịch Thường trực Ủy ban sông Mê Công Việt Nam, đã ký ban hành Quyết định số 03/QĐ-UBMC quy định chức năng nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Văn phòng Thường trực Uỷ ban sông Mê Công Việt Nam thay thế cho Quyết định số 14/QĐ-UBMC ngày 28 tháng 02 năm 2018 của Bộ trưởng, Chủ tịch Ủy ban sông Mê Công Việt Nam. Quyết định mới của Văn phòng Thường trực Ủy ban sông Mê Công Việt Nam bên cạnh việc duy trì các nhiệm vụ và quyền hạn trong quyết định trước đây đã được bổ sung thêm nhiều nhiệm vụ và quyền hạn hỗ trợ thực hiện chức năng mới của Ủy ban sông Mê Công Việt Nam về tổ chức quản lý lưu vực sông cho lưu vực sông Cửu Long và lưu vực sông Sê San – Srêpôk.

Trong Quyết định mới, Văn phòng Thường trực Ủy ban sông Mê Công Việt Nam tiếp tục là tổ chức giúp việc Ủy ban sông Mê Công Việt Nam có chức năng giúp Phó Thủ tướng Chính phủ, Chủ tịch và Bộ trưởng, Bộ Tài nguyên và Môi trường, Phó Chủ tịch Thường trực Ủy ban sông Mê Công Việt Nam trong thực hiện các quyền hạn và nhiệm vụ phối hợp liên ngành, liên tỉnh, liên quốc gia của Ủy ban sông Mê Công Việt Nam theo quy định của Hiệp định Hợp tác Phát triển Bền vững Lưu vực sông Mê Công, Luật Tài nguyên nước, Luật Bảo vệ môi trường và các văn bản pháp luật có liên quan.

Văn phòng Thường trực Ủy ban sông Mê Công Việt Nam có tư cách pháp nhân, có con dấu và tài khoản theo quy định của pháp luật; hoạt động tuân thủ theo các quy định, quy chế và phân cấp của Bộ Tài nguyên và Môi trường như đối với các Cục trực thuộc Bộ; thực hiện các nhiệm vụ theo sự phân công của lãnh đạo Ủy ban sông Mê Công Việt Nam và Bộ Tài nguyên và Môi trường trong lĩnh vực tài nguyên nước và các lĩnh vực liên quan.

Văn phòng Thường trực Ủy ban sông Mê Công Việt Nam có các nhiệm vụ chính là: (i) xây dựng, đề xuất với lãnh đạo Uỷ ban xem xét, quyết định Chiến lược hoạt động của Ủy ban sông Mê Công Việt Nam; (ii) dự thảo quyết định, chỉ thị của Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo các hoạt động hợp tác, các chương trình, đề án, dự án về sử dụng, quản lý và bảo vệ tài nguyên nước và các tài nguyên có liên quan nhằm phát triển bền vững lưu vực sông Mê Công; (iii) xây dựng, đề xuất nội dung, chương trình, đề án, báo cáo kết quả và kiến nghị hợp tác của các Hội nghị Cấp cao Ủy hội sông Mê Công quốc tế, phiên họp các cấp của Uỷ hội sông Mê Công quốc tế và Uỷ ban sông Mê Công Việt Nam; (iv) dự thảo kiến nghị của Uỷ ban sông Mê Công Việt Nam về các giải pháp bảo đảm thực hiện hiệu quả các chiến lược và quy hoạch (khu vực và quốc gia), xây dựng, sửa đổi, bổ sung các văn bản quy phạm pháp luật, cơ chế, chính sách, các giải pháp giải quyết tranh chấp, vướng mắc giữa các bộ, ngành, địa phương và giữa Việt Nam với các quốc gia trong lưu vực sông Mê Công đối với phát triển bền vững, sử dụng, quản lý, bảo vệ tài nguyên nước và tài nguyên có liên quan trên lưu vực; (v) chuẩn bị trình lãnh đạo Uỷ ban sông Mê Công Việt Nam ý kiến bằng văn bản của Ủy ban theo quy định đối với các chương trình, đề án, dự án, quy hoạch về sử dụng, quản lý và bảo vệ tài nguyên nước và các tài nguyên liên quan nhằm phát triển bền vững lưu vực sông Mê Công, bao gồm cả lưu vực sông Cửu Long và lưu vực sông Sê San – Srêpốk.

Văn phòng Thường trực Ủy ban sông Mê Công Việt Nam đặt tại Bộ Tài nguyên và Môi trường, có trụ sở tại số 23 Hàng Tre, Quận Hoàn Kiếm, Thành phố Hà Nội và Văn phòng đại diện tại Thành phố Hồ Chí Minh có trụ sở tại số 200 Lý Chính Thắng, Phường 9, Quận 3, Thành phố Hồ Chí Minh.

Văn phòng Thường trực Ủy ban sông Mê Công Việt Nam là cơ quan chuyên trách duy nhất của Ủy ban sông Mê Công Việt Nam được điều hành bởi một Chánh Văn phòng và các Phó Chánh Văn phòng. Văn phòng Thường trực Ủy ban sông Mê Công Việt Nam sẽ kết nối với các thành viên của Ủy ban sông Mê Công Việt Nam (đều làm việc theo cơ chế kiêm nhiệm) thông qua Hệ thống quản lý văn bản và hồ sơ điện tử được kết nối với trục liên thông quốc gia.

Cơ cấu tổ chức của Văn phòng Thường trực Ủy ban sông Mê Công Việt Nam